Sulayman Beg begründete 1077 in Iznik die Herrschaft der Linie der Rum-Seldschuken. Zu jener Zeit wurde der Islam durch die Türken in Anatolien immer schneller verbreitet. Damals waren die Muslime unter Kilic Arslan I. mit dem ersten Kreuzzug nach Jerusalem konfrontiert, der von Papst Urban II. veranlasst worden war (1096). Nach dem Sieg der Kreuzfahrer über Kilic Arslan I. wurde Konya die Hauptstadt der anatolischen Seldschuken. Die anatolischen Sel-dschuken begründeten besonders in Konya und Kayseri eine glänzende Zivilisation. Die Herrschaftszeit von Alaaddin Kaykubat (1219-1237) wird im Allgemeinen als eine Goldene Ära bezeichnet. Infolge der Invasion der Mongolen mussten die anatolischen Seldschuken 1243 am Köse Dag eine schwere Niederlage hinnehmen. Ihr Reich zerfiel in 14 selbstständige Emirate (beylik), die bis zum Jahre 1308 unter mongolischer Hoheit standen.

Der berühmte türkische Volksdichter Yunus Emre (1240-1320) und der große türkische Mystiker Mawlana (1207-1273) lebten in dieser Zeit des Umbruchs. Sowohl zu Zeiten der Groß-Seldschuken als auch der anatolischen Seldschuken wurden wertvolle Beiträge zur islamischen Zivilisation geleistet. Unzählige Gasthäuser, Moscheen, Brunnen, Medresen und Krankenhäuser wurden gegründet, Brücken wurden gebaut. Der islamische Sufismus organisierte sich in unterschiedlichen Orden und entwickelte sich weiter. Er fand in allen Gesellschafts- schichten großen Zulauf. Naturwissenschaften und religiöse Wissen- schaften wurden besonders stark gefördert.