Die Fatimiden eroberten von Tunesien aus ganz Nordafrika, gründeten 969 in Ägypten ein Kalifat im Namen des schiitischen Imams der Ismailiyya und eroberten von dort aus Damaskus, Jerusalem, Mekka und Medina. Auch Bagdad wurde von ihnen bedroht. Die Seldschuken, die zuvor Bagdad erobert hatten, verdrängten die Fatimiden schließlich aus Syrien. Doch erst der berühmte General Saladin (1171-93) bereitete der Herrschaft der Fatimiden in Kairo 1171 ein Ende. Er begründete an ihrer Stelle die autonome Dynastie der Ayyubiden und erhob sich damit zum Herrscher von Kairo und Damaskus. 1187 eroberte er in der entscheidenden Schlacht von Hittin Jerusalem von den Kreuzfahrern zurück. Seine gerechte Haltung anderen Religionen gegenüber wird von Lessing in seinem Werk “Nathan der Weise” gerühmt.

Schon zur Herrschaftszeit der Enkel Saladins wurde die Dynastie von wirtschaftlichen und innenpolitischen Problemen bedroht. Die Generäle der Ayyubiden waren so genannte Mamluken (tscherkessische und kiptschakische Militärsklaven). Sie übernahmen schließlich die Herrschaft und traten das Erbe der Ayyubiden an. Mit starker Hand verwalteten sie die Macht und brachten die Invasion der Mongolen im südlichen Palästina zum Stillstand. Außerdem verdrängten sie die Kreuzfahrer endgültig aus Nordsyrien. Der Mamluk Izz ad-Din war der erste Herrscher der Mamluken, die sich von 1250-1517 in Ägypten und Syrien an der Macht hielten.